MyISAM 是 MySQL 的默认数据库引擎（5.5 版之前），由早期的 ISAM（Indexed Sequential Access Method：有索引的顺序访问方法）所改良。虽然性能极佳，但却有一个缺点：不支持事务处理（transaction）。不过，在这几年的发展下，MySQL 也导入了 InnoDB（另一种数据库引擎），以强化参考完整性与并发违规处理机制，后来就逐渐取代 MyISAM。
InnoDB，是 MySQL 的数据库引擎之一，为 MySQL AB 发布 binary 的标准之一。InnoDB 由 Innobase Oy 公司所开发，2006 年五月时由甲骨文公司并购。与传统的 ISAM 与 MyISAM 相比，InnoDB 的最大特色就是支持了 ACID 兼容的事务（Transaction）功能，类似于 PostgreSQL。目前 InnoDB 采用双轨制授权，一是 GPL 授权，另一是专有软件授权。
MyISAM 和 InnoDB 两者之间有着明显区别，简单梳理如下:
1) 事务支持
MyISAM 不支持事务，而 InnoDB 支持。InnoDB 的 AUTOCOMMIT 默认是打开的，即每条 SQL 语句会默认被封装成一个事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好是把多条 SQL 语句显示放在 begin 和 commit 之间，组成一个事务去提交。
MyISAM 是非事务安全型的，而 InnoDB 是事务安全型的，默认开启自动提交，宜合并事务，一同提交，减小数据库多次提交导致的开销，大大提高性能。
2) 存储结构
MyISAM：每个 MyISAM 在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm 文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB：所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB。
3) 存储空间
MyISAM：可被压缩，存储空间较小。支持三种不同的存储格式：静态表(默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉)、动态表、压缩表。
InnoDB：需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
4) 可移植性、备份及恢复
MyISAM：数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作。
InnoDB：免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十 G 的时候就相对痛苦了。
5) 事务支持
MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性, 其执行数度比 InnoDB 类型更快，但是不提供事务支持。
InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。具有事务 (commit)、回滚(rollback) 和崩溃修复能力 (crash recovery capabilities) 的事务安全 (transaction-safe (ACID compliant)) 型表。
6) AUTO_INCREMENT
MyISAM：可以和其他字段一起建立联合索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引，自动增长可以不是第一列，他可以根据前面几列进行排序后递增。
InnoDB：InnoDB 中必须包含只有该字段的索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引也必须是组合索引的第一列。
7) 表锁差异
MyISAM：只支持表级锁，用户在操作 myisam 表时，select，update，delete，insert 语句都会给表自动加锁，如果加锁以后的表满足 insert 并发的情况下，可以在表的尾部插入新的数据。
InnoDB：支持事务和行级锁，是 innodb 的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是 InnoDB 的行锁，只是在 WHERE 的主键是有效的，非主键的 WHERE 都会锁全表的。
MyISAM 锁的粒度是表级，而 InnoDB 支持行级锁定。简单来说就是, InnoDB 支持数据行锁定，而 MyISAM 不支持行锁定，只支持锁定整个表。即 MyISAM 同一个表上的读锁和写锁是互斥的，MyISAM 并发读写时如果等待队列中既有读请求又有写请求，默认写请求的优先级高，即使读请求先到，所以 MyISAM 不适合于有大量查询和修改并存的情况，那样查询进程会长时间阻塞。因为 MyISAM 是锁表，所以某项读操作比较耗时会使其他写进程饿死。
8) 全文索引
MyISAM：支持 (FULLTEXT 类型的) 全文索引
InnoDB：不支持 (FULLTEXT 类型的) 全文索引，但是 innodb 可以使用 sphinx 插件支持全文索引，并且效果更好。
全文索引是指对 char、varchar 和 text 中的每个词（停用词除外）建立倒排序索引。MyISAM 的全文索引其实没啥用，因为它不支持中文分词，必须由使用者分词后加入空格再写到数据表里，而且少于 4 个汉字的词会和停用词一样被忽略掉。
另外，MyIsam 索引和数据分离，InnoDB 在一起，MyIsam 天生非聚簇索引，最多有一个 unique 的性质，InnoDB 的数据文件本身就是主键索引文件，这样的索引被称为“聚簇索引”
9) 表主键
MyISAM：允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址。
InnoDB：如果没有设定主键或者非空唯一索引，就会自动生成一个 6 字节的主键(用户不可见)，数据是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。InnoDB 的主键范围更大，最大是 MyISAM 的 2 倍。
10) 表的具体行数
MyISAM：保存有表的总行数，如果 select count(*) from table; 会直接取出出该值。
InnoDB：没有保存表的总行数(只能遍历)，如果使用 select count(*) from table；就会遍历整个表，消耗相当大，但是在加了 wehre 条件后，myisam 和 innodb 处理的方式都一样。
11) CURD 操作
MyISAM：如果执行大量的 SELECT，MyISAM 是更好的选择。
InnoDB：如果你的数据执行大量的 INSERT 或 UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用 InnoDB 表。DELETE 从性能上 InnoDB 更优，但 DELETE FROM table 时，InnoDB 不会重新建立表，而是一行一行的删除，在 innodb 上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用 truncate table 这个命令。
12) 外键
MyISAM：不支持
InnoDB：支持
13) 查询效率
没有 where 的 count(*)使用 MyISAM 要比 InnoDB 快得多。因为 MyISAM 内置了一个计数器，count(*)时它直接从计数器中读，而 InnoDB 必须扫描全表。所以在 InnoDB 上执行 count(*)时一般要伴随 where，且 where 中要包含主键以外的索引列。为什么这里特别强调“主键以外”？因为 InnoDB 中 primary index 是和 raw data 存放在一起的，而 secondary index 则是单独存放，然后有个指针指向 primary key。所以只是 count(*)的话使用 secondary index 扫描更快，而 primary key 则主要在扫描索引同时要返回 raw data 时的作用较大。MyISAM 相对简单，所以在效率上要优于 InnoDB，小型应用可以考虑使用 MyISAM。
通过上述的分析，基本上可以考虑使用 InnoDB 来替代 MyISAM 引擎了，原因是 InnoDB 自身很多良好的特点，比如事务支持、存储 过程、视图、行级锁定等等，在并发很多的情况下，相信 InnoDB 的表现肯定要比 MyISAM 强很多。另外，任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥 MySQL 的性能优势。如果不是很复杂的 Web 应用，非关键应用，还是可以继续考虑 MyISAM 的，这个具体情况可以自己斟酌。
MyISAM 和 InnoDB 两者的应用场景：
1) MyISAM 管理非事务表。它提供高速存储和检索，以及全文搜索能力。如果应用中需要执行大量的 SELECT 查询，那么 MyISAM 是更好的选择。
2) InnoDB 用于事务处理应用程序，具有众多特性，包括 ACID 事务支持。如果应用中需要执行大量的 INSERT 或 UPDATE 操作，则应该使用 InnoDB，这样可以提高多用户并发操作的性能。
但是实际场景中，针对具体问题需要具体分析，一般而言可以遵循以下几个问题：
– 数据库是否有外键？
– 是否需要事务支持？
– 是否需要全文索引？
– 数据库经常使用什么样的查询模式？在写多读少的应用中还是 Innodb 插入性能更稳定，在并发情况下也能基本，如果是对读取速度要求比较快的应用还是选 MyISAM。
– 数据库的数据有多大？大尺寸倾向于 innodb，因为事务日志，故障恢复。
